5日、笹井氏は再生科学総合研究センターに隣接する先端医療センター内で、首を吊った状態で見つかり、病院に緊急搬送されるも死亡が確認された。現場には、研究室メンバーに宛てた3通の遺書が残されており、小保方晴子氏に宛てた遺書も見つかっていた。
松本は「僕ね、個人的な意見だと遺書を個人に残す、自殺する時にね。これは止めた方がええと思うわ。あれはアカンと思うわ。あんなもん残された方はたまったもんじゃない」と額に皺を寄せながら考えを明かし、「その遺書、どうしていいかわからないよね!? 世の中に向けてとか、何かに向けての遺書とかはいいですよ。ん〜」と終止、顔を歪めていた。
また、「建物内で自殺するってさ。ここを選ぶってことは、俺は何かあると思うよ」と推測した。
小保方氏に宛てた遺書には、「STAP細胞を必ず再現してください」「あなたのせいではない」という趣旨の内容が書かれていたと、各メディアが報じている。笹井氏はなぜ自殺したのか、今後「STAP細胞」問題はどのような形で結着されるのか、注目が集まる。