『モーニングショー』と言えば、新型コロナウイルスの報道を巡り、これまで厚生労働省公式ツイッターや内閣官房国際感染症対策調整室公式ツイッターなどからたびたび苦言を呈され、番組側が放送内で反論するなどして騒動となっていた。
そんな中、この日の放送では、緊急事態宣言が出る可能性やその内容などに触れる一幕があったが、青木氏は13日に改正された新型インフルエンザ等対策特別措置法で、「新型インフルエンザ等対策を的確かつ迅速に実施するため特に必要があると認めるときは(中略)指定公共機関に対し、必要な指示をすることができる」と定められていることに触れ、指定公共機関のNHK以外の民放は今回は指定されないものの、政権が変わった後に解釈次第で指定公共機関になる恐れがあるとしつつ、「実際に、この番組を名指しして、政府だったり厚労省だったり、自民党のツイッターで、『嘘じゃないか、この番組は』と言ってて、実はそちらが嘘だったということが起きてる」と言い、「目を凝らしてチェックしていかないと、弾圧やメディア統制に成りかねない」と発言していた。
しかし放送後、自民党の和田政宗参議院議員は公式ツイッターを更新し、青木氏の「そちらが嘘だった」という発言に触れ、「嘘はついておらず事実ではない」と否定。「皆様はこうした発言をどう思われるでしょうか」と呼び掛けていた。
『モーニングショー』では、番組内で厚労省公式ツイッターに反論していたものの、その反論を厚労省が認めたということはないこともあり、この一連の流れにネットからは、「いつ自民党が嘘言ったっていうんだろう…」「名指し批判を『政府から嘘つかれた』って言いかえるのひどい」「国の有事に混乱させるような事ばかり言いっぱなしてるのは『モーニングショー』の方じゃないの?」といった声が集まっていた。
一方で番組ファンからは、「明日にでも緊急事態宣言が発令されるかも知れない状況なのに、この番組が何故非難されるのか理解できない」「政府にとって忖度しないこの番組は脅威なのかもしれない」といった声が集まっていた。
2019年の平均視聴率ランキング(ビデオリサーチ調べ、関東地区)で、番組同時間帯1位を獲得した『モーニングショー』。視聴者が多いだけに、さまざまな議論を生んでいるようだ。