最終回は、山梨県で発生した大規模な土砂災害に対し、興雲大学法医学教室に応援要請が入り、朝顔(上野樹里)たちが現場に向かうというストーリー。民家や建設現場の社員寮、老人ホームが下敷きになり、多数の被害者が出ており、朝顔たちが検死をしていくことになり――という展開が描かれた。
「被災地でのリアルな検死活動に対し、『まるでドキュメンタリー』などという称賛の声も寄せられていましたが、物語の最後には、朝顔がようやく母・里子の実家を訪れ、祖父・浩之(柄本明)と震災以来の再会をするというシーンがありました。平(時任三郎)や真也(風間俊介)、つぐみ(加藤柚凪)とともにみんなで居間で食事を取る中、ふと浩之は里子の姿を感じ、里子がここに一緒に存在し、みんなと一緒に再会を楽しむという風景を目にするものの、それは錯覚。錯覚から目覚めたあと、『なんでここに里子がいないんだ』と号泣するシーンがありました。これに視聴者からは『めっちゃ泣いた…』『涙が止まらない』『みんな演技が上手いからこそのこの空気感がすごい』といった声が殺到。『涙腺が崩壊した』として大反響が寄せられました」(芸能ライター)
また、番組の最後には次週、「特別編」としてスペシャル版が放送されることが発表されたが、「楽しみ!」といった歓喜の声が集まる一方、ある懸念も聞かれているという。
「実は、4月クールの月9で放送されていた『ラジエーションハウス』も最終回の翌週に『特別編』が放送されましたが、オリジナルの内容は少なく、ほぼ総集編。最終回後すぐの総集編に、視聴者からの不満が集まる事態になっていました。『朝顔』は『ラジエーションハウス』よりも視聴率が高い人気作となりましたが、それだけに『ラジハの二の舞になるんじゃ?』『ラジハ悪夢再びかと思うと辛い』といった声が噴出。予告では、新たな解剖事案と、朝顔と真也の出会いが描かれるとされていますが、不安がる視聴者も多くいました」(同)
高評価を得ただけに、スペシャルでその評価が崩れるのではと心配する視聴者の声が多く寄せられてしまった。