菜々緒が主演を務める本作。甲賀忍者の末裔ながら薬局で働き、鈴木伸之演じる夫は郵便局の配達員として働いている。しかし、その正体は伊賀忍者の末裔。お互いの正体を隠して結婚した2人の元にそれぞれ特殊任務が舞い込み、ニアミスを重ねるうちにお互いの正体を疑い始める――というコメディドラマになっている。
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原作は同枠で放送されて人気を博し、映画化もされた『ルパンの娘』(同)と同じ原作者・横関大の同名小説。『ルパンの娘』も深田恭子演じる泥棒一族の娘と、瀬戸康史演じる警察一家の息子の許されない恋が描かれたコメディドラマだったが――。
「『ルパンの娘』は一作目が全話平均視聴率7.2%(ビデオリサーチ調べ、関東地区、以下同)、二作目が5.7%と決して高い数字を記録したわけではありませんでした。しかし、そのトンデモ設定を活かしてギャグに振り切り、名作映画のオマージュを入れたり、映画版ではタイムスリップしたりなどやりたい放題。多くのファンを獲得していました」(ドラマライター)
『忍者に結婚は難しい』には、ネット上から「『ルパンの娘』感がする!」「あれくらいぶっ飛んだドラマになってほしい」「『ルパンの娘』みたいな現実離れした設定って疲れなくていいよね」「ルパンの娘みたいなくだらない話で気楽に観られることを期待してる!」という期待の声が集まっている。
「『忍者に結婚は難しい』は、お互い隠し事をしていることからすれ違い、結婚3年目にして夫婦間は冷え切っているという設定。一方、甲賀忍者と伊賀忍者は犬猿の仲。ストーリーが進むにつれ、冷え切った夫婦がロミオとジュリエット化するというあり得ない設定も『ルパンの娘』を彷彿とさせるようです」(同)
制作陣は『ルパンの娘』とは異なるものの、どこまで振り切ったコメディドラマになるかに注目が集まる。