『もしもツアーズ』は家族で安心して見られる番組といった印象が強いが、過去には炎上騒ぎも起こしている。
2019年11月23日の放送ではレギュラー出演するキスマイことKis-My-Ft2の宮田俊哉がほかの出演者の食べ残しを片付ける場面に「衛生的にいかがなものか」「残飯処理係なんてかわいそう」といった批判が殺到してしまった。番組での宮田のキャラクターがそうしたものであったとはいえ、食べ物の扱い方に視聴者が苦言を呈した形だ。
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さらに同年には番組で放送作家を務める堀田延氏のツイッターが炎上。堀田氏は「おいネトウヨども!そして歴史修正主義者の政治家ども!もう頭きた!はっきり言ってやるよ。関東大震災時に朝鮮人を虐殺した日本人、慰安婦を性的搾取した日本人、そんな日本人たちのDNAを継いでるのが紛れも無いお前らなんだよ!」と書き込んだ(現在は削除済み)。堀田氏は『もしもツアーズ』のほかにも『テラスハウス』(フジテレビ系)や『東大王』(TBS系)など人気番組を手がけており、降板を求める動きもネット上で生じた。
『もしもツアーズ』では出演者を巡るトラブルも起こった。19年3月に番組レギュラーとして出演していた三瓶が番組を降板し、トルコに渡ると明かした。三瓶は同番組の共演者でもあった平愛梨の夫であるプロサッカー選手・長友佑都の専属料理人見習いとなるとされた。だがわずか2カ月で帰国。三瓶側は理由として「ホームシック」を挙げているが、一部ネット上では「平のポイ捨て」と批判を集めた。その後も三瓶の番組復帰はかなっていない。スタッフとの間に何かしらのトラブルがあるのではとみる声もある。そのため9月24日放送の最終回で何かしらの動きがあるのか気になるところだ。