最終回では、「ナイト・ドクター」チームは、本郷(沢村一樹)から『あさひ海浜病院』のナイト・ドクターチームの解散を言い渡される。その夜、3件の事故が同時に発生し、それぞれが現場で治療にあたる医師は自分一人という厳しい夜を過ごすことになり――というストーリーが描かれた。
※以下、ネタバレ含む。
最終回では、それぞれが治療を乗り越えた後のシーンに、ツッコミが殺到している。
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「ラストでは、患者の治療を終えた美月(波瑠)が屋上で次第に明けていく空を見ながらたそがれていると、そこに他のメンバーも全員集まり、この日こなした仕事について語り合うという展開に。最終的には『やっぱりナイト・ドクターは必要』という結論に落ち着き、それぞれ系列の別の病院で働く決心を固めていました。しかし、この日、それまでかなり多忙だったのにも関わらず、5人はのんびり語り合い、朝焼けまで眺める始末。さらに本郷だけは一人救命救急センターに残っていましたが、それまでいた患者たちはなぜかいなくなっており、ベッドは空。これにネットは『患者どうした…?』『さっきまであんなに忙しかったのに』『誰も患者の経過観察してないし、職場放棄では?』という困惑の声が殺到していました」(ドラマライター)
また、続編を巡っても意見が分かれている。
「本作は毎回のようにツッコミどころがあり、視聴者から手放しで絶賛されたドラマとは断言できません。一方、桜庭(北村匠海)の臓器移植についてや、深澤(岸優太)の美月への想いなどまだ決着していない要素も多くあり、さらに言えば月9の医療モノということで続編が制作される可能性は十分。ネットからも『SPドラマでもいいから帰って来てほしい!』『またみんなのこと見たい』という続編を熱望する声も多々集まっています。ネットからは『もうお腹いっぱい』『続編はいらないと思う』という厳しい声もありますが、果たして続編制作はあるのでしょうか」(同)
最終回は綺麗な着地とはなったが、ファンの期待は叶うのだろうか――。