AKBが活動を開始してから3年たった2008年、AKBの公式サイトに無差別殺傷を予告するような書き込みをした当時18歳の少年が公演を妨害したとして、威力業務妨害の疑いで逮捕されている。
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この少年はサイトに「尊敬する人、加藤智大容疑者」「6月8日の歩行者天国のように」など、東京・秋葉原の無差別殺傷事件を連想させる内容を記載していた。AKBファンだったという少年は調べに対し「目立つ書き込みをすれば(メンバーから)返事が来ると思った」と容疑を認めていた。
2010年には、AKBメンバーが出演するテレビドラマの撮影現場になっていた小学校に忍び込んだ少年3人が逮捕された。彼らは撮影の際にメンバーが使っていたコートやヘルメット、クッションなどを、撮影が終わってスタッフが帰った後、鍵がかかっていなかった場所から忍び込んで持ち帰り、自宅に飾っていたという。
メンバーに直接、脅迫するケースも。2012年には当時19歳の無職の少年が、ネットの掲示板にあるメンバーに対して「つぶした方が良い」「コロシテやる」などと書き込み、脅迫した疑いで書類送検されている。少年はこのメンバーのファンで、ブログに応援メッセージを送っていたのに全くリアクションがなく、別のファンの返事には対応していたのが許せなかったと供述している。
先頃、グループからの卒業を発表した横山由依も、迷惑をこうむっている。かつて兼任していたNMB48時代、当時31歳の男が、劇場を爆破するとネット上に書き込んで逮捕された事件があった。男は横山のファンだったようだが、「掲示板でのやりとりで自分がバカにされたように感じてやった」と容疑を認めていた。最近は運営側も対策を講じ未然に防ごうと対策を取り始めている