問題となっているのは、日本学術会議問題について取り上げていた際の一幕。新会員候補者105人のうち6人が任命拒否されたこの問題だが、政府が「適法」と主張している一方、野党や日本学術会議の元会長などは法律違反の可能性があるとして批判している。
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番組の中で話を振られた高橋は、この問題に対し、「バランスを取ってるっていうのもひとつの理由になる」と前置きし、「これから菅内閣がやってこうって時に、あまりにも反対する際どい6人がいたとしたら、『ちょっとそれは』って言いたくなる気持ちも分かる」とコメント。さらに、「10人いるうちの6人を外したら細かく説明してほしいけど、105人もいる中の6人で、残った99人の中にもいろんな人がいるから、その中ではちゃんと多様性もあるけど、極端な人たちは今回外しましょうよってなったのかな」と政権に寄った意見を見せた。
しかし、この意見を聞いた坂上は、「だからさ、真麻ちゃんさ、菅さんになってから、菅応援団になってる」と揶揄。「それはいいことなんだけど、別に人それぞれなんだから」としつつ、是枝裕和監督らが任命拒否に抗議声明を出したことに触れ、「いまの真麻ちゃんの意見だと、是枝さん、『いやいや、なにを言ってるの? そうじゃないでしょ』って」と指摘していた。
しかし、坂上の一連の発言に視聴者からは、「ちょっとでも政府寄りの意見言うと応援団にされちゃうわけ?」「政権批判してないと応援団って揶揄してくるの面倒くさいな」「意見に対し『菅応援団』ってレッテル貼りするの卑怯」と不快感を訴える声が上がっている。
また、その後高橋は北海道大学の奈良林直名誉教授が、防衛省の安全保障技術研究推進制度に北大が応募した際、日本学術問題の圧力に遭って応募を辞退させられたと告発したことに言及。「結局、学問の自由だ、学問の自由だって言ってる団体がひとつの学問を潰してることは……」と話し始めたものの、坂上は「それとこれって別問題で考えないとダメなんだよ。行革と今回の問題は別問題で考えないといけなくて」と断罪。高橋は納得のいかないような表情を浮かべており、これにも視聴者から「気に入らない意見だと途中で切られちゃうのか」「反対意見遮るのってMCとしてどうなんだろう」といった声が寄せられていた。