発売後、歴史認識の誤りやWikipediaからのコピペが指摘されるなど、ネットを中心に大騒動に発展。百田氏がツイッターで反論して大論争が起きた。
さらに百田氏が11月20日にYoutube上で配信している報道番組『真相深入り!虎ノ門ニュース』に出演した際にWikipediaからのコピペを認め、ツイッターで、
《【拡散希望】
私がウィキペディア(以下ウィキ)から大量のコピペをしたという悪意ある中傷が拡散していますが、執筆にあたっては大量の資料にあたりました。その中にはもちろんウィキもあります。しかしウィキから引用したものは、全体(500頁)の中の1頁分にも満たないものです。》
とツイートし、さらなる論争を招いていた。
そんな中、『日本国紀』の第4刷で、ネット上から指摘されていた《日本には過去八人(十代)の女性天皇がいたが、全員が男系である。つまり父親が天皇である。》という一文が訂正されていた。
この一文は日本の皇室が男系であることを説明した内容だが、男系とは父親をたどれば天皇に行き着くという意味で、『日本国紀』に記されていた《父親が天皇》という意味ではない。事実、女性天皇の8人のうち、父親が天皇なのは6人だけという指摘もあった。これが、
《日本には過去八人(十代)の女性天皇がいたが、すべて男系である。つまり父親を辿ると必ず天皇に行き着く。》
と変更された。
明らかな内容修正だが、これに対して百田氏サイドからアナウンスは何もない。百田氏が『日本国紀』についてツイッターで投稿したのは、販促活動と、
《『日本国紀』には、「従軍慰安婦の強制はなかった!」「南京大虐殺は虚構!」と、はっきり書いている。また戦後、アメリカの占領軍におもねり、「日本国憲法や東京裁判は正しい」と主張して、WGIPを推進した人物たちを実名で書いている。ものすごい数のアンチがわいてくるのも当然か。》
といった自画自賛だけである。
間違いをおざなりにすると、さらなる大炎上が起きそうな気配だ。