だが、大会の運営ルールに非難が殺到している。今大会は芸人4人がブロックトーナメント方式で戦い、勝ち抜いた3人が決勝戦に臨む。審査員は持ち点3の中から点数を振り分ける。1人に3点投票しても良いし、2人に2点、1点と振り分けても良い。同点の場合は投票した審査員の数が多い方が勝利という形式となった。粗品はトーナメント、決勝ともに同点ながら審査員数が上回り勝っている。そのため、ネット上では「やっぱり欲しいのは圧勝感だよな。これはなんだかすっきりしない」「点数ではっきり順位を付けてほしいわ」「なんだ『やらせ』じゃないかって疑ってしまう」といった声が聞かれた。
『R-1』はこれまでたびたび大会ルールが変更されてきた。2002年の第1回大会から、2004年の第2回大会まではすべてのネタが披露されたあと審査員の協議制で優勝者が決まっていた。その後、審査員5人による100点ずつの投票による500点満点による審査(第3回〜6回)、同じく700点満点方式(第7回)、前回の700点満点に加えて上位3名が決勝トーナメントで決着(第8回)と変遷してきた。現在の審査員の持ち点3による方式が始まったのは2011年の第9回以降である。
現在の決勝へ3名進出の形は『M-1』を意識した構成ともいえる。だが、ピン芸人の場合、キャラクター芸人などはネタが固定されているため、似たようなネタを二度披露すればウケが弱まってしまうのは確かだろう。そうなると、第7回までの純粋な得点による審査がもっとも良いのではないだろうか。『M-1』に比べて今イチ目立てていない『R-1』ではあるが、余計な試行錯誤は視聴者、出場芸人双方に混乱を招きそうだ。